在实际生产过程中，往往由于一些原因，会出现鸡胚死亡率偏高或健雏率偏低的情况。
引起雏鸡胚胎疾病发生、死亡的原因多且复杂，按其发生原因可分为传染性因素和非传染性因素。
其中，传染性因素包括：细菌性因素、病*性因素；非传染性因素包括：饲养管理因素、种蛋质量和孵化条件因素以及缺乏营养物质因素。
1、细菌性因素
引起雏鸡胚胎疾病的主要病原菌，之前报道的有：鸡沙门氏菌、大肠杆菌、金*色葡萄球菌、奇异变形杆菌、禽波氏杆菌、链球菌。
近些年来，国内外有越来越多关于粪肠球菌的报道，粪肠球菌渐渐成为雏鸡胚胎疾病的一种主要病原菌。
1.1鸡沙门氏菌
沙门氏菌病主要感染种鸡和鸡胚，并且可在鸡群间相互传播，被沙门氏菌污染的饲料、饮水、粪便等也都是感染健康鸡的重要途径。
鸡沙门氏菌可分为三大类—鸡白痢沙门氏菌、鸡伤寒沙门氏菌、以及其他有鞭毛能运动的沙门氏菌。沙门氏菌为革兰氏阴性小杆菌，无芽孢、无荚膜，两端钝圆，鸡白痢沙门氏菌和鸡伤寒沙门氏菌外，其他都有周身鞭毛；在营养琼脂培养基上，形成中等大小、边缘整齐、无色半透明、表面光滑的圆形菌落。鸡沙门氏菌是引起雏鸡胚胎成活率低的主要病原菌，分别可引起鸡白痢、鸡伤寒、鸡副伤寒，统称为鸡的沙门氏菌病，是一种对养禽业危害极大并且比较多发的一种传染性疾病。
1.2禽大肠杆菌
大肠杆菌病一直是困扰国内外养禽业重要的细菌性传染病之一，其危害大、难治愈、死亡率高且易复发，国内外以及全国各地都有发生，具有一定的普遍性和严重性。
大肠杆菌为革兰氏阴性短杆菌，有鞭毛、能运动，无芽孢；在营养琼脂培养基上，菌落呈乳白色，表面光滑，边缘整齐，整体凸起，在伊红美蓝培养基上呈有金属光泽的深紫色。
大肠杆菌病在一年四季均可发生，寒冷的季节（冬季、初春）更为多发，可感染不同年龄段的鸡，但对种蛋和1月龄内的雏鸡影响是致命性的。可水平传播也可垂直传播，鸡群的饮用水、饲料或鸡舍的空气一旦被大肠杆菌污染，便可经呼吸道和消化道传播感染健康鸡；病原菌污染蛋壳后可穿过蛋壳进入蛋内，胚胎感染后孵化率降低—有的直接死亡，有的虽可以孵出来，但出壳的幼雏也是体重较轻、卵*吸收不良的带菌弱雏，还可引起雏鸡脐炎。
1.3金*色葡萄球菌
金*色葡萄球菌为革兰氏阳性球菌，呈单个、成双或如葡萄状排列，是一种条件致病菌；主要发病群体是2月龄以内的雏鸡，在禽类胚胎孵化过程中也较容易感染该菌。
金色葡萄球菌一年四季均可发病，在闷热潮湿的环境下，金*色葡萄球菌更容易侵入雏鸡胚胎，胚胎大多数死于孵化早期，有报道感染本菌引起的胚胎死亡率达49%～60%。
对于金*色葡萄球菌病的防治，首先，在饲养、接种疫苗过程中，应尽量避免禽体的创伤。另外，可实行“带鸡消*”的防制措施，饲料、饮水加药相结合，防止葡萄球菌的入侵。对于发病的鸡只，可用敏感药物治疗。
1.4禽波氏杆菌
禽波氏杆菌病是一种近些年发现的新型胚胎性疾病，主要引起鸡胚死亡、孵化率降低以及一周龄内雏鸡的急性死亡，成年鸡也可感染。
禽波氏杆菌为革兰氏阴性，小的球杆状，单个存在或成双，有荚膜、有鞭毛；在营养琼脂培养基上呈表面光滑、灰白色的小菌落。禽波氏杆菌病可通过接触传播，也可垂直传播，主要感染一周龄以内的雏鸡，成年母鸡感染后无明显症状，但处于带菌状态，其所产种蛋带菌，孵化率可明显降低10%～40%，死胚率一般在30%～40%，甚至可达60%，雏鸡的弱雏率在5%左右，弱雏的死亡率较高，给养禽业带来严重的经济损失。
经研究调查发现，禽波氏杆菌病在上海、江苏、广东、山东、安徽等地区已经普遍存在，这些地区养殖场的鸡血清阳性率为30%～70%，并且在不同孵化场的死胚中均分离出了该菌；并且通过病原学和血清学检查，发现该菌的感染率明显高于其他病原菌。
对于禽波氏杆菌病的防治，时要采取严格的生物安全措施，严格定期消*。
1.5奇异变形杆菌
奇异变形杆菌属肠杆菌科变形杆菌属，无荚膜、无芽孢、有鞭毛、有菌毛的革兰氏阴性短杆菌；在营养琼脂培养基上呈灰白色，呈迁徙生长，并有腐败臭味。该菌广泛存在于人与动物的粪便、污水及土壤中，是一种常见的条件致病菌。
对于奇异变形杆菌的防治，要对鸡群定期消*、免疫，使机体有良好的抵抗力。近些年，由于广谱抗菌药物的广泛应用，使之对多数抗生素产生了严重的耐药性，研究证明，目前奇异变形杆菌对氨基糖苷类的药物较敏感，因此，临床治疗奇异变形杆菌引起的疾病时多选氨基糖苷类药物，如：庆大霉素、新霉素、卡那霉素等。
1.6粪肠球菌
粪肠球菌，又称粪链球菌，属肠球菌第Ⅱ群，革兰染色阳性，从19世纪后期开始对粪肠球菌有所研究，从最初鉴定其为“粪便来源链球菌”开始，到现在已经被研究了一个多世纪。粪肠球菌广泛存在于人和动物的呼吸道、消化道、生殖道内，通常不引起人和动物发病，对于常见的禽类—鸡来说，已有研究发现粪肠球菌是1日龄鸡肠道内的主要细菌菌群。
粪肠球菌是一种条件致病菌，对外界环境抵抗力比一般细菌强，能生长存活于各种环境中，如：土壤、食品、水、植物、动物肠道等。近年来，有越来越多的粪肠球菌为病原菌的研究报道，粪医院感染的主要病原菌之一，该菌医院的交叉感染，在人医临床上表现为尿路感染、菌血症、心内膜炎，还是难治性根尖周炎的主要致病菌。
近些年来，由于抗生素在禽类养殖中的广泛使用和不规范使用，使粪肠球菌引发禽类的感染也不断增多。在很多国家的禽类养殖业中，包括加拿大在内的一些国家，粪肠球菌感染的出现已经越来越普遍。有国外研究者表明，粪肠球菌可以感染所有年龄段的禽类，但对胚胎和雏鸡影响最为严重，是引起鸡胚和雏鸡死亡的一个重要原因。还可引起成年鸡淀粉样蛋白关节病，在鸡的膝关节和踝关节中有淀粉样蛋白沉积，严重影响鸡群健康，在欧洲有20%～30%的鸡受此病影响，并造成了严重的经济损失。另外，我国路振香还指出，粪肠球菌感染的蛋鸡会出现以腹泻和败血症为主的症状，董国*等人指出，粪肠球菌感染可造成幼畜、弱畜、禽胚、弱雏死亡、败血症、不同程度的呼吸困难，食欲不振等症状。
2病*性因素
雏鸡常见的病*性传染病有：鸡新城疫、传染性脑脊髓炎、鸡马立克氏病、传染性支气管炎、传染性法氏囊病。
2.1鸡新城疫
由鸡新城疫病*引起，在世界各国都有发生，是危害养禽业的主要疫病之一，幼雏最易感，主要经消化道、呼吸道传播，接种免疫不当引起创伤也是引发感染的一个重要原因。一年四季均可发生，春秋两季更多发，一旦被感染，可迅速传播呈毁灭性流行，死亡率可高达90%以上，危害巨大。
2.2传染性脑脊髓炎
由禽脑脊髓炎病*引起，一般先感染母鸡，然后母鸡通过垂直传播给种蛋，此病*对鸡胚有高度的向神经性，胚胎孵化的第一周便会出现死亡，在孵化后期的最后3d，还会出现一次死亡高峰，死胚伴有胚体出血、肌肉变性、肿胀、断裂和坏死，脑组织有软化、水肿的症状，并且还会伴有胶质细胞增生；即使能出壳的雏鸡，其在胚胎孵化期间已经被病*侵蚀，出壳后7d内会出现神经症状—共济失调、头颈震颤。
2.3鸡马立克氏病
雏鸡更易感，被感染的鸡有一段潜伏期，并在此期间作为主要的传染源传染病*。在世界范围内都有发生，我国各地也有发生，尤其在集约化养鸡场更容易发生此病，年仅在美国因此病损失高达1.69亿美元，自年以来，就一直被列为重要的传染病的前两位。
2.4传染性支气管炎
可感染各种日龄的鸡，雏鸡和蛋鸡更易感，且日龄越小越容易感染，过热、严寒、通风不好等因素都可引起发病。其不同血清型的*株的发病率和死亡率不同，发病率为0～%，死亡率为0～80%。
2.5传染性法氏囊病
由传染性法氏囊病*引起的雏鸡高度接触性传染病，病鸡、带*鸡是传染源，通过被污染的垫料、粪便传播给健康鸡群，通常与鸡新城疫混合感染。往往突然发病并迅速传播，3～7d内可使60%～70%的鸡群感染，感染的鸡只，第3d即出现死亡现象，并于5～7d达到死亡高峰，之后死亡现象又很快停止。死亡率差异较大，有的仅3%～5%，严重发病鸡群死亡率可达60%以上。
由病*引起的传染病，一旦发病，传播迅速，且危害极大。目前没有特效的治疗方法，以预防为主，做好预防措施，疫苗接种仍是现在以及可预见的将来中，预防、控制病*性传染病的中心策略。
3饲养管理因素
3.1种鸡、种蛋的质量
种鸡的年龄和饮食结构会直接影响种蛋的质量，以及后期的胚胎发育情况和孵化率的高低，种蛋的大小、品质、保存和运输也会影响孵化率。经过长期的摸索，目前已经有了比较完善的培育种鸡和挑选种蛋的方法和技术。
3.2孵化的环境条件控制
在种蛋孵化过程中，影响胚胎发育最重要的两个环境条件是温度和O2的浓度，温度过高或氧气浓度过低都会对胚胎发育造成很大的负面影响，造成孵化率低的后果；另外，湿度过高，会容易引起霉菌的滋生，种蛋受到污染从而降低孵化率。
3.3饲养密度
刚出壳雏鸡的饲养方式是笼养，笼养的密度过小时不利于雏鸡的生长，研究表明未经训练的小鸡处于适当大的密度时，更容易找到水源和食物；密度过大时不利于通风，还会发生鸡群的“踩踏事件”，同样也不利于提高雏鸡的成活率。
3.4鸡舍的设备
通风不好的环境下，鸡群较容易爆发疾病。相反，良好的通风设备可以保证鸡舍内空气的流速均匀，改善鸡舍内的空气质量，从而可以降低雏鸡的发病率和死亡率。
鸡舍的温度和湿度也要有严格的控制，温度和湿度的过低或者过高，都会影响雏鸡的成活率。因此，先进的进气、加热控制系统可以控制鸡舍的温度和湿度，使雏鸡处在一个较适宜的环境中，可以减少疾病的爆发，提高雏鸡的成活率。
3.5饮水和喂食
研究调查表明，除由细菌、病*感染引起的疾病外，由于刚出壳的雏鸡需要从以蛋*营养为基础的饲料转变为固体的外部饲料，所以出壳第一周的饮水和喂食对雏鸡健康成长很重要，有很大一部分雏鸡在出壳后的第一周因为脱水和饥饿而死亡。另外，不同类型的饮水器和不同的喂食方式，对雏鸡进食和饮水也有很大的影响，好的饮水系统和及时地喂食也是影响雏鸡成活率的一个重要因素。
研究发现，那些只能接触乳头饮水器的雏鸡，比可以获得卫星补充饮水的小鸡死亡率要高。
3.6维生素及微量元素的缺乏
在胚胎发育过程中，缺乏VA会延缓胚胎的发育，甚至会造成初期胚胎死亡；在胚胎发育的中期阶段，缺乏VA还会造成出壳时间的延长；在胚胎发育的后期阶段，缺乏VA会导致鸡胚的破壳力不足，从而闷死在蛋壳中。
种鸡饲料中米糠、麦麸等谷类物质的含量不足时，容易引起胚胎的VB1缺乏症，导致胚胎发育至后期的幼雏可能会因为啄壳困难、无法正常出壳而亡，能顺利出壳的雏鸡，也会出现因VB1的缺乏导致的神经症状。
影响鸡胚孵化率的最常见营养缺乏症之一就是核*素的缺乏，也就是
VB2的缺乏，由于一些原因引起种鸡采食量下降的时候，容易引起种蛋中VB2的缺乏。当种蛋中缺乏VB2时，胚胎孵化期间会有两个死亡高峰期（1～3d和9～14d），会大大降低孵化率。
舍饲的鸡或者阴雨季节，也就是长期没有日照的种鸡产出的种蛋容易缺乏VD，缺乏VD的种蛋孵化率显著下降，鸡胚常在孵化后第8～9d出现死亡。
产蛋鸡缺乏泛酸（VB3）时，蛋的孵化率下降，孵育出的小鸡比较弱小，生活能力不强。
钴胺素（VB12）是维持鸡的正常生长和健康所必需的物质，鸡的需要量很大，当钴胺素缺乏时雏鸡发育受阻，生长不良、贫血。成年鸡产蛋量下降，孵化率降低，到孵化后期鸡胚死亡。
种鸡日粮配合极不合理的情况下，会引起VE的缺乏。发生VE缺乏时，在孵化的第一周内，就会出现死胚，第7d时，鸡胚死亡率达到最高。
缺锰对雏鸡的生长发育影响非常大，会导致孵化率降低，蛋壳厚度低，甚者会造成胚胎死亡。
鸡群缺碘会导致产蛋量减少、有软壳蛋，鸡胚孵化率降低，还会导致雏鸡甲状腺肿胀，雏鸡发育迟缓、换毛较晚、羽毛褪色。
家禽缺钼，也会导致种蛋的孵化率下降，雏鸡生长发育受阻，从而影响雏鸡的成活率。
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