升麻鳖甲汤出自张仲景《金匮要略·百合狐惑阴阳毒病脉证并治》中，关于阴阳毒的病证的描述，我们首先看原文。《金匮要略》说：“阳毒之为病，面赤斑斑如锦文，咽喉痛，唾脓血，五日可治，七日不可治。升麻鳖甲汤主之”。又说“阴毒之为病，面目清，身痛如被杖，咽喉痛，五日可治，七日不可治，升麻鳖甲汤去雄黄蜀椒主之”。其原方为升麻二两，当归一两，蜀椒（炒，去汗）一两，甘草二两，鳖甲（灸）手掌大一片，雄黄半两（研）。上六味，以水四升，煮取一升，顿服之，老小再服，取汗。
阴阳毒作为疾病，后世对它的理论分歧颇多，如阳毒为热邪，阴毒为寒极说。感受恶毒异气说。邪毒为患说。大多数医学学者从《金匮要略》原文中的论述分析，阴阳毒病，乃阴毒证和阳毒证的合称，皆与感受实邪疫毒有关，以发斑，发热，咽喉痛为临床特征，故认为具有传染性，属于急性热病的范畴。如赵献可说：“此阴阳二毒，是感天地疫疠非常之气，沿家传染，所谓时疫证也。观方内“老小再服”可见”。他们都认为因体质不同，部位有别，病情有异，而表现一病二证，才有阴毒阳毒不同的称谓。虽然有争议，但都基本围绕发斑症状，病机，病性，病势及预后而定阴阳。
此证的主要症状就是“咽喉痛，唾脓血”，故不是一般的咽痛，而是咽喉溃烂。“面赤斑斑如锦文”，就是面色发红，并且生有红斑，就如锦纹。有阳气浮郁在外之象，所以叫阳毒。到了阴毒呢，病已深陷，“面目青，身痛如被杖”，面色发青，身体就象被杖刑那么疼痛剧烈，可见这种病的危急性，有咽喉痛的症状，但是不唾脓血。阳毒证病偏于在表，病位较浅，可用升麻鳖甲汤取汗。阴毒证病已离表而内陷较深，不可发汗，故去蜀椒，蜀椒辛温，利水消肿、解痛排毒，具有发汗的作用。雄黄，用于痈肿疔疮，治痈脓，因为到此阶段，没有唾脓血的症状，故把雄黄也去掉了。
从条文中得知，此毒邪对人体有明显的伤害和致病作用，故并不是一般的六淫外邪，是一种更强的致病因素。毒邪所具有的爆发性，症状表现剧烈呈进行性加重，传变迅速，易于恶化，病情凶险危重，易陷营血，内攻脏腑，伤阴伤阳等显著特点。同时，邪毒具有顽固性，依附性，多发性和内损性。症状复杂多样，容易反复发作，缠绵不断，及其难以治愈的特点。根据中医学的理论，此证是由于素体禀赋不足，精血亏虚，或七情内伤，劳欲过度，而致脏腑亏虚，真阴不足，火热内盛，加外受邪毒，内外火毒相搏，使阴阳失调，气血失和，瘀阻脉络，五脏六俯受损，皮肉，筋脉，关节失养而致病。此证因为发展迅速，随着疾病的发展，毒，热，瘀表现的程度有所不同，但其基本的治疗原则是益气养阴，扶正而固其本，解毒祛风，散瘀通络而治其标。
方中升麻辛凉宣散，升清解毒，透邪外出，甘草与升麻同用有加强清热解毒之功。雄黄，蜀椒辛温，解毒辟秽有助散邪之效。阳毒用之，以其病位较浅，以发汗而走外，从外而散邪。灸鳖甲甘，寒，咸，养阴，可攻瘀滞的邪毒。当归温通走散，具有补血行血的作用，助鳖甲以行血脉。全方简洁严谨，共奏清热解毒，活血化瘀的妙用。阴毒不用蜀椒和雄黄，是因为阴毒病位较深，阴分已伤，用之有劫阴的弊端。故《古方选注》说：“升麻入阳明、太阴二经，升清逐秽，辟百邪，解百毒，统治温疠阴阳二病。但仅走二经气分，故必佐以当归通络中之血，甘草解络中之毒，微加鳖甲守护营神，俾椒、黄猛烈之品，攻毒透表，不乱其神明。阴毒去椒、黄者，太阴主内，不能透表，恐反助疠毒也”。
近代中医大家杨志一先生评论升麻鳖甲汤，应属于厥阴的范畴，方中升麻味甘辛微苦，性凉，人肺脾胃肝经，功能解毒、透疹、升提、散风热；鳖甲味咸性平、人肝脾肾经，功能滋阴潜阳、软坚散结；当归味甘辛、性温，人心肝脾经，功能养血活血；蜀椒味辛、性温，入脾胃肾经，功能温中散寒、止痛、燥湿、杀虫；雄黄味辛性温，入心肝经，功能燥湿、解毒、杀虫；甘草味甘性平，入脾肺经，功能和中解毒。可见方中多药均能人肝经，而且面赤斑斑、唾脓血显属血分。全方应能从肝经血分中升散热毒、破结凉血、行血解毒，可为厥阴血分热毒内伏证的治疗提供由里达表的治法与方药之范例。
在条文中“五日可治，七日不可治”，说明此证的严重性，体现了张仲景标本缓急的思想，同时也提示后人，对阴阳毒邪要早期发现，早期诊断，早期治疗。其病情容易控制从而达到治愈。阴阳毒这种病，虽然现在很少见，但此方剂却在临床中经常用到，现代医学常用本方治疗毒血症，败血症、红斑性狼疮、再生障碍性贫血、血小板减少性紫癜及白血病、慢性荨麻疹等病证而见上述证机者。