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感染病原宏基因组测序案例分享海洋无声杀 [复制链接]

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中科白癜风医院荣获安全管理优秀奖 http://m.39.net/disease/a_6169035.html

病人情况

患者谢某某,男,40岁,渔民,长期从事海边捕鱼工作,因“右下肢被海鱼划伤后发热2天”于年9月6日入院。9月4日下午右下肢被海鱼(当地俗称剥皮鱼/牛皮鱼/迪仔鱼)划伤,当时稍感疼痛,无咳嗽、咳痰,无恶心、呕吐、腹痛、腹泻。9月5日早晨出现高热,最高体温>39.3℃,伴腹泻5次,为*色水样便,且有胸闷、呼吸困难,遂就诊于我院急诊。

1

急查血常规:WBC14.10×/L,HGBg/L,PLT26×/L;

2

血生化:CRP46.20mg/L,ProCT42.ng/ml

考虑“右下肢皮肤软组织感染”,予头孢哌酮舒巴坦+左氧氟沙星抗感染,充分扩容补液后血压仍难以维持,遂启用去甲肾上腺素升压治疗且剂量很快大于0.1μg/kg/min,为求进一步诊疗以“发热查因:脓*症?”于09-06医院重症医学科。

入科查体

既往有慢性乙肝、肝硬化、慢性丙肝病史2年,自诉丙肝已治愈,规律服用恩替卡韦抗乙肝病*治疗。

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T38.5℃,RR22cpm,HRbpm;BP在去甲肾上腺素(约0.4μg/kg/min)维持下波动在/70mmHg左右;

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神志嗜睡,鼻导管吸氧3L/min;

3

皮肤巩膜可见*染,双侧手掌呈肝掌样改变;右下肢红肿、触痛明显(图09-09),皮温较高,右足背动脉搏动微弱;

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肺心腹查体未见明显异常。

09-09患者查体双下肢表现

辅助检查

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动脉血气分析:pH7.,pCO.5mmHg,pO.0mmHg,cLac2.1mmol/L,BE-6.7mmol/L,HCO3-19.9mmol/L;

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血常规:WBC14.10×/L,NEU90.9%,HGBg/L,PLT53×/L;肝功能:ALT64U/L,AST85U/L,DBIL43.3μmol/L,TBIL69.2μmol/L,ALB25.2g/L;肾功能:CRμmol/L;

3

感染指标:CRP77.07mg/L,ProCT28.ng/ml;凝血功能:PT21.4s,APTT52.8s,INR1.94,D-Dimer7.21mg/LFEU;粪常规、尿常规、电解质、心肌酶谱、心梗三项、糖化血红蛋白未见异常

4

09-06胸片(X线):双肺炎症;床旁超声心肺和双下肢超声未见明显异常,划伤的右下肢动静脉血流可,未见血栓形成;既往我院胃镜提示:食管、胃底静脉曲张(重度);门脉高压性胃病伴糜烂。

诊断

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感染性休克;右下肢皮肤软组织感染;

2

肝硬化失代偿期;慢性乙型病*性肝炎;

3

食管胃底静脉曲张,肝硬化;血小板减少;凝血功能障碍;

4

门脉高压性胃病(伴糜烂);既往丙肝病*感染;低白蛋白血症。

初步推测

转入重症医学科后医生考虑到患者2天前曾被海鱼划伤,随即出现高热、腹泻、右下肢肿胀疼痛等表现,诱因和病史比较明确,初步推测患者可能是水暴露后的软组织感染。

在水或与水生动物暴露后引起软组织感染的常见的病原体有5种,包括:气单胞菌、迟缓爱德华菌、红斑丹*丝菌、创伤弧菌和海洋分枝杆菌。

而在上述病原体中,气单胞菌和创伤弧菌感染可能会引发快速进展的软组织感染伴发热,高危患者还有可能发生脓*症。发生侵袭性软组织感染伴大疱形成(如,大疱性蜂窝织炎)和软组织坏死时,应考虑创伤弧菌感染。

而海洋分枝杆菌和红斑丹*丝菌引起的软组织感染通常进展缓慢,且不伴全身*性。迟缓爱德华菌软组织感染则较少见。

结合这个患者的病史与临床表现,临床医生考虑病原体是创伤弧菌。细菌培养的检出率较低,患者入重症医学科时病情危重,重症医学科医生选择测血二代测序(NGS),入科后送检,精准医学中心第二天血NGS快速结果回馈:创伤弧菌。

血液mNGS结果

创伤弧菌

创伤弧菌(Vibriovulnificus):是一种革兰氏阴性菌,可引起严重的伤口感染、败血症和腹泻,是美国贝类相关死亡的首要原因。据报道,超半数患者在入院48h内死于多器官功能衰竭。

创伤弧菌具有明显的区域性和季节性。超过95%的致死性创伤弧菌感染发生在亚热带地区,尤其是北半球的西太平洋和大西洋沿岸(主要包括美洲、欧洲、日本、新加坡、泰国等地),在我国主要流行于台湾地区、香港地区、大陆东南沿海等地。发病多在3~11月间,尤其夏季、海面水温在23~29℃为发病高峰,少数病例也可见于寒冷水域。伤口感染通常是由于伤口暴露于含有该菌的咸水或淡咸水,最常发生在处理海鲜的情况下或与水上娱乐活动相关。

高危因素

以下人群发生创伤弧菌严重感染的风险增高:

●酒精性肝硬化(31%-43%的原发性败血症患者存在该疾病)

●包括肝硬化和慢性肝炎在内的基础肝病(24%-31%的患者)

●酗酒但无已确诊的肝病(12%-27%的患者)

●遗传性血色病(12%的患者)

●慢性疾病,如糖尿病、类风湿关节炎、重型地中海贫血、慢性肾衰竭和淋巴瘤(7%-8%的患者)

值得注意的是,男性发生严重感染的风险似乎远高于女性,尤其是年龄较大的男性。

对比这个的患者,他既往乙肝肝硬化病史,确实是创伤弧菌感染的高危人群!

临床表现

创伤弧菌感染主要表现有三种临床亚型,包括原发性脓*症(43.1%)、创伤感染(45.9%)和胃肠炎(5%)。

原发性脓*症:常见于生食牡蛎等贝壳类海鲜后,病原体通过胃肠道入血,暴发脓*症。主要表现包括急起发热、寒战、休克和典型血性大疱样皮损。明显的皮损往往从下肢远端开始,包括斑丘疹、荨麻疹、多行性红斑和蜂窝组织炎,伴张力性水疱并迅速转为典型的紫色血性大疱,快速进展,数小时内可累及整个下肢,甚至躯干。迅速恶化的全身状态和局部典型的血性大疱样皮损是诊断原发性脓*症的重要线索。原发性脓*症患者多于48h内进展为脓*性休克及多脏器功能衰竭,病死率超过50%以上。

(创伤弧菌败血症和休克患者的大疱性大出血性病变。在这种情况下的死亡率超过50%)

创伤感染:往往是由于身体原有创口接触带菌海水或被海生动物刺伤而感染,表现为肢体局部的皮肤、肌肉坏死等,亦可迅速发展为继发性脓*症,危急生命,需要截肢。多见于渔业加工人员,偶有纹身者接触海水后发病。

(在约75%的创伤弧菌感染患者中观察到明显的大疱性皮肤损害)

胃肠炎:以腹痛、腹泻等消化道症状为主,症状较轻,一般无需住院。

这位病人右下肢被海鱼划伤过,并且出现了脓*症,可能是由于创口感染创伤弧菌后的继发性脓*症!

预防

1、高风险人群应避免食用生的或未熟的贝类,尤其是牡蛎;

2、采取捕获后处理措施(轻度加热处理、冷冻和流体静压)可减少生牡蛎中创伤弧菌的数量;

3、对于有江河口相关伤口的高风险人群,一旦出现感染的任何体征或症状(如发热、发红、压痛或有引流物),立即就诊。

宏基因组测序

宏基因组测序不依赖于培养,使用测序技术对样本中所有微生物基因组(称为宏基因组)进行分析。最早是用于研究各种环境中不可培养的微生物。由于流程优化,测序时间缩短(平均48小时),灵敏度提高以及特定的生物信息学分析推动mNGS进入了病原体鉴定的临床实践。

临床上,在疾病评估中确认感染和排除感染同样重要。理论上,考虑到mNGS“泛病原体检测”的特性(即同时检测DNA和RNA病*、细菌、真菌和寄生虫的能力),与有倾向性的传统检测相比,mNGS在排除感染方面似乎更有说服力。许多研究表明,mNGS的诊断性能(包括阴性预测值)优于常规方法。随着mNGS工作流程的进一步优化和临床诊断检测准确性的提高,该技术将在排除感染方面发挥更大的作用。

病例来源:医院重症医学科

医院精准医学中心建有平方米符合GMP要求的检测与制备车间,配有新型检测仪器及全套质量控制标准,开展二代基因靶向测序、精准免疫治疗技术,提供疾病筛查、恶性肿瘤和免疫相关疾病的个体化诊疗,同时开展多项细胞临床研究。医院临床团队提供一个开放、多元化的技术平台,支持各学科的科研、转化医学及新技术新业务,提升精准医学应用服务水平。文章转载自

医院重症医学科

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